L'alimento salutare peptidico deve essere collocato solo in un luogo fresco e asciutto.

I reagenti peptidici e i farmaci peptidici devono essere conservati in un essiccatore. I peptidi liofilizzati possono essere posti a temperatura ambiente prima di esporli all'aria. Ciò ridurrà l'influenza dell'umidità e, quando la liofilizzazione non è possibile, il modo migliore è conservare piccoli volumi di campione di lavoro. Per i reagenti peptidici contenenti Cys, Met o TrP, il tampone di disossidazione è essenziale per la loro dissoluzione, poiché il reagente peptidico viene facilmente ossidato dall'aria e anche il flusso lento di azoto o argon dal reagente polipeptidico prima di sigillare la bottiglia ridurrà l'ossidazione. Anche i reagenti peptidici contenenti Gln o Asn si degradano facilmente e tutti i peptidi hanno una durata di vita limitata rispetto a quelli che non contengono questi liosidi problematici.
I peptidi hanno un ampio range di solubilità. Il problema principale con l'insolubilità dei peptidi è la formazione di strutture secondarie. Ciò si verifica in tutti i peptidi tranne quelli più importanti, specialmente nei peptidi con più residui idrofobici. Il sale favorisce la formazione della struttura secondaria. Si consiglia di sciogliere prima il peptide in acqua distillata sterile o di deionizzarlo. Se è necessario aumentare la solubilità, è possibile utilizzare la sonicazione. La dissoluzione è ancora un problema, l'aggiunta di una piccola quantità di acido acetico diluito (10%) o ammoniaca faciliterà la dissoluzione.
Per la conservazione a lungo termine dei reagenti peptidici, è meglio liofilizzare e la polvere essiccata a freddo può essere conservata a -20 gradi o meno per diversi anni con una degradazione minima o nulla. I peptidi in soluzione sono tutt'altro che stabili. I peptidi sono suscettibili alla degradazione batterica e devono essere sciolti in acqua purificata sterile.
Le soluzioni peptidiche contenenti residui Met, Cys o Tyr hanno una durata limitata a causa dell'ossidazione. Dovrebbe essere sciolto in solvente anaerobico, al fine di prevenire ripetute distruzioni di congelamento-scongelamento, si consiglia di sciogliere il peptide in eccesso nell'esperimento della cacca e il resto del polipeptide viene conservato come formazione solida.